Jeho otevřeně katolická a ostře protikomunistická tvorba jej přiváděla do ostrého konfliktu s levicovými autory, již před druhou světovou válkou se někteří z nich, jako například Jan Drda, vyjádřili, že Zahradníček musí po jejich vítězství za mříže. Po únorovém převratu byl nejprve vyloučen z Československého svazu spisovatelů a posléze odsouzen ve vykonstruovaném procesu ke třinácti letům vězení. Dlouhodobé a kruté věznění vedlo ke zhoršení jeho už tak trvale špatného zdraví, krátce po propuštění zemřel.

Monumentální básnická skladba Znamení moci, kterou dokončil těsně před svým uvězněním, je považována za nejostřejší a nejlepší české básnické protikomunistické a protitotalitní dílo.

Komunistický režim jej vyškrtl z učebnic a oficiální historie české literatury, po jeho trvání se Zahradníčkova díla (s výjimkou několika málo vydavatelských počinů v čase uvolnění okolo roku 1968) šířila pouze samizdatem a v zahraničí.

F. X. Šalda jej nazval knížetem české poezie.

Pobyt Jana Zahradníčka ve znojemské věznici připomíná pamětní deska.